javaclasspath({
   '/home/cocktail/meerbach/Netbeans_projects/Metamacs/dist/lib/colt.jar',
   '/home/cocktail/meerbach/javawerkstatt/Metamacs/lib/concurrent.jar',
   '/home/cocktail/meerbach/Netbeans_projects/Metamacs/build/classes/'
  });

% je nach gewünschten package
import biocomp.metamacs.hmm.variants.*;

hmm=HMMVAR(double[][] trajectorie, int dimHmm, 1, []); % mit der 1 entspricht das HMM-SDE
hmm.initializeModel(int[] viterbiPath) % Zustände sind numeriert von 0,...,dimHmm-1
hmm.EM(int steps, double precision, boolean loud) % precision istAbbruchskriterium
viterbi=hmm.computeViterbiPath(); % Viterbi Pfad berechnen

% Parameter holen
hmm.get???????; % Parameter angeben

% Simulieren einer(!) SDE
% Paramter holen
S=hmm.getCovariances();
S=squeeze(S(1,:,:));
Phi=hmm.getRegressionMatrices;
Phi=squeeze(Phi(1,:,:));

% Trajectorie erzeugen
startvector=start; % Startvektor [....] muss angegeben werden
trajectorie=zeros(T,dim);
trajectorie(1,:)=startvector;
for i=2:T
    trajectorie(i,:)=(Phi*[1 trajectorie(i-1,:)]'+mvnrnd(zeros(1,size(S,1)),S)')';
end;

% Wie kriegt man aus Phi die Parameter \mu und exp(\tau F) heraus?
expTauF=Phi(:,2:size(Phi,2));
mu=inv(eye(size(expTauF))-expTauF)*Phi(1,:);

 
